Тракийски университет заема престижното 5-о място по рейтинговата класация на университетите в България и полага изключително големи грижи за обучението, бита и развитието на своите студенти. Университетът е акредитиран с много висока оценка 9,20 (при максимална 10) от Националната агенция за оценяване и акредитация в България с правото да обучава в ОКС Бакалавър и Магистър, както и в образователна и научна степен Доктор. Висшето училище е в процедура за получаване на европейска акредитация за Ветеринарномедицински факултет. В структурата му са включени 9 структурни звена: Аграрен факултет с учебно-експериментална база, Ветеринарномедицински факултет с клиники, Медицински факултет с Университетска болница, Педагогически факултет, Стопански факултет, Факултет Техника и технологии-Ямбол, Медицински колеж-Стара Загора, Филиал – Хасково, Департамент за информация и повишаване квалификацията на учителите.